Tamizaje por referencia cercana
Resultado preliminar del tamizaje
ID de análisis: —
Esperando análisis.
Los resultados aparecerán cuando el motor de análisis devuelva una respuesta.
Qué muestra este paso
Este paso resume el control de calidad de la consulta (primeras 4 tarjetas): longitud de secuencia, cobertura del ORF5, presencia de bases ambiguas y el estatus de calidad. También muestra el linaje asignado de la secuencia consultada basado en el resultado del tamizaje por referencia cercana y la mejor referencia coincidente, % de identidad nucleotídica con la referencia, orientación y nivel de confianza del análisis. Además, genera una tabla con las 5 referencias cercanas devueltas por el motor. Las referencias se muestran con la accesión GenBank-Linaje (ej. PZ201037-L8D).
Proceso de tamizaje
Referencias PRRSV-2 ORF5 más cercanas
Esta tabla resume las referencias más cercanas devueltas por el motor en Python. Las referencias cercanas se reportan como contexto. Una señal confiable de linaje se informa solo cuando se cumplen los umbrales de soporte configurados.
| Posición | Referencia | Linaje | Identidad | Discrepancias | Orientación | Metadatos |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Run the analysis to display closest references. | ||||||
Representación filogenética de la consulta
Contexto filogenético del árbol maestro PRRSV-2 ORF5
El contexto del árbol aparecerá cuando la referencia más cercana esté representada en el árbol maestro PRRSV-2 ORF5.
El contexto del árbol aparecerá cuando la referencia más cercana esté representada en el árbol maestro PRRSV-2 ORF5.
Qué muestra este paso
Este paso vincula la secuencia consultada mediante la referencia más cercana proveniente del resultado del tamizaje al árbol maestro del ORF5 del PRRSV-2. Informa si dicha referencia se encuentra representada en el árbol y muestra una vista local reducida en torno a la misma, no el árbol Newick completo, el alineamiento, el conjunto de datos FASTA ni la tabla de metadatos curados.
Contexto filogenético local
Vista local reducida del árbol en torno a la secuencia referencia que representa a la consulta. El árbol Newick completo, el alineamiento, el conjunto de datos FASTA y la tabla de metadatos curados no se encuentran expuestos.
Vista local reducida del árbol alrededor de la referencia más cercana.
Ventana de referencias mostrada
Ventana de referencias acotada en torno a la coincidencia más cercana. La vista gráfica superior se reduce a las referencias mostradas y no expone el árbol completo, el alineamiento, el conjunto de datos FASTA ni la tabla de metadatos curados.
| ID del árbol | Accesión | País | Linaje | Sublineage | Mejor coincidencia |
|---|---|---|---|---|---|
| Tree neighborhood will appear after analysis. | |||||
Comparación de aminoácidos ORF5
Comparación traducida de GP5
La secuencia del ORF5 enviada fue traducida en el contexto de orientación y marco de lectura inferidos a partir del resultado del tamizaje. Las diferencias de aminoácidos representan cambios a nivel codificante y ayudan a distinguir la variación no sinónima de la variación nucleotídica sinónima.
La comparación de aminoácidos aparecerá después de traducir la secuencia en el marco codificante ORF5 inferido.
Qué muestra este paso
Después de traducir la secuencia enviada a aminoácidos, está se compara frente a la referencia más cercana y un panel de referencia vacunal fijo, lo que ayuda a identificar los cambios de aminoácidos. El panel de refencia vacunal ofrece un contexto comparativo que sirve para la interpretación biologica de la secuencia enviada, sin embargo, esto de deberá tomar con cautela al momento de asociar variable que este motor no considera. Es responsabilidad del usuario interpretar los resultados de manera crítica y en el contexto de la epidemiología y la biología del virus.
Nota de interpretación proteica
No se devolvieron advertencias a nivel proteico.
Vista proteica tipo Jalview
Visualizador de alineamiento de aminoácidos ORF5
Las filas incluyen las referencias vacunales fijas, la referencia de nucleótidos más cercana y la secuencia enviada traducida en el marco de lectura del ORF5. Desplácese horizontalmente para inspeccionar las posiciones 1–200.
Igual a la secuencia enviada
Aminoácido diferente
La secuencia enviada difiere de la mejor coincidencia
No cubierto / gap
Aminoácido ambiguo
Codón de paro
| Referencia vacunal | Linaje | % Identidad AA | Diferencias AA | AA comparables |
|---|---|---|---|---|
| Vaccine amino acid comparison will appear after analysis. | ||||
Reporte y trazabilidad
Reporte público del análisis
Descargue un reporte HTML de archivo único o abra una vista optimizada para impresión/PDF después de completar el análisis.
Los reportes se generan como un HTML de archivo único y una vista optimizada para impresión/PDF.
Ambos excluyen la secuencia nucleotídica enviada, el FASTA de referencias, la tabla curada de metadatos,
los alineamientos y el archivo del árbol maestro.
Estatus de almacenamiento
Estatus de almacenamiento will appear after analysis.
Salida técnica avanzada: respuesta JSON cruda
Solo para revisión técnica.
Esta sección está destinada a validación, depuración y trazabilidad durante las pruebas. No incluye la secuencia nucleotídica enviada, el FASTA completo de referencias, el árbol maestro en formato Newick, el alineamiento ni la tabla curada de metadatos. Puede incluir la secuencia de aminoácidos traducida derivada utilizada para la comparación proteica en pantalla. Los metadatos del formulario pueden aparecer porque forman parte de la solicitud de análisis.
No API response yet.