Por ejemplo, detectar una secuencia relacionada con una vacuna durante las primeras semanas y otra clasificada como de campo en un momento posterior no demuestra, por sí solo, que primero circulara exclusivamente la vacuna y después ocurriera un reto de campo.

La profundidad del análisis debe definirse de acuerdo con la pregunta sanitaria. Para ello, puede plantearse un abordaje escalonado.

Nivel básico: seguimiento longitudinal

El primer nivel consiste en ampliar el número de muestras y conservar la identidad de los animales durante el seguimiento.

Idealmente, deben muestrearse los mismos animales en diferentes momentos, identificar las muestras positivas y secuenciar varias de ellas en cada fecha.

Esto permite conocer:

• qué variantes consenso se detectan en cada animal;
• cuáles persisten a lo largo del tiempo;
• si diferentes animales presentan variantes distintas;
• y si cambia la variante predominante durante el periodo productivo.

Secuenciar únicamente la muestra con mayor concentración viral facilita la obtención de una secuencia de buena calidad, pero puede no representar la diversidad del grupo.

Pregunta guía: ¿Qué variantes consenso se detectan en distintos animales y momentos?

Nivel intermedio: detección diferencial de cepas vacunales

Cuando existe interés en distinguir las cepas vacunales de otras variantes circulantes, puede utilizarse una batería de RT-qPCR dirigida a regiones específicas de las vacunas empleadas.

El análisis debe realizarse sobre muestras previamente identificadas como positivas a PRRSV. Para interpretar correctamente los resultados es importante disponer de:

• controles positivos;
• secuencias de referencia de las cepas vacunales;
• ensayos específicos para cada vacuna incluida en el panel;
• y confirmación mediante secuenciación y análisis filogenético.

Un resultado positivo en un ensayo específico aporta evidencia de compatibilidad con la cepa vacunal evaluada. Posteriormente, la secuenciación de ORF5 puede utilizarse para confirmar su relación molecular y ubicarla filogenéticamente.

Un resultado negativo indica que no se detectó ninguna de las vacunas incluidas en el panel. Sin embargo, esto no demuestra automáticamente que se trate de una cepa de campo, porque también pueden existir:

• vacunas no incluidas en el panel;
• variantes derivadas de vacuna con cambios en la región objetivo;
• baja concentración viral;
• o diferencias de sensibilidad entre ensayos.

Pregunta guía: ¿La muestra presenta una señal compatible con alguna de las cepas vacunales evaluadas?

Nivel ideal: diversidad de cuasiespecies

La secuenciación profunda permite estudiar la población viral más allá de una sola secuencia consenso.

Mediante secuenciación de nueva generación pueden obtenerse miles de lecturas de una muestra y estimarse las frecuencias relativas de las variantes presentes.

Esto permite identificar:

• variantes mayoritarias y minoritarias;
• coexistencia de poblaciones vacunales y de campo;
• cambios en las frecuencias a lo largo del tiempo;
• diversidad intrahospedador;
• aparición de haplotipos;
• sustitución de variantes dominantes;
• y posibles eventos de recombinación.

Un análisis de este tipo podría demostrar, por ejemplo, que una variante relacionada con la vacuna domina inicialmente, mientras una variante de campo ya está presente en baja frecuencia. Si posteriormente la variante de campo aumenta, podría estudiarse el cambio en la composición de la población viral con mucha mayor precisión.

Pregunta guía: ¿Qué variantes coexisten dentro de cada muestra y cómo cambia su frecuencia con el tiempo?

Cada nivel aporta una resolución diferente

Los tres niveles son complementarios:

• Seguimiento longitudinal: compara secuencias consenso entre animales y fechas.
• Detección diferencial: identifica señales compatibles con vacunas específicas.
• Secuenciación profunda: caracteriza la diversidad existente dentro de cada muestra.

La metodología debe seleccionarse de acuerdo con la pregunta que se desea responder y con los recursos disponibles.

Referencias consultadas

1. Cheng, T.-Y., Campler, M. R., Schroeder, D. C., Yang, M., Mor, S. K., Ferreira, J. B., & Arruda, A. G. (2022). Detection of Multiple Lineages of PRRSV in Breeding and Growing Swine Farms. Frontiers in Veterinary Science, 9. https://doi.org/10.3389/fvets.2022.884733
2. Clilverd, H., Li, Y., Martín-Valls, G., Aguirre, L., Martín, M., Cortey, M., & Mateu, E. (2024). Selection of viral variants with enhanced transmission and reduced neutralization susceptibility alongside lateral introductions may explain the persistence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in vaccinated breeding herds. Virus Evolution, 10 (1), veae041. https://doi.org/10.1093/ve/veae041
3. Pamornchainavakul, N., Paploski, I. A. D., Makau, D. N., Baker, J. P., Huang, J., Ferreira, C. P., Corzo, C. A., Rovira, A., Cheeran, M. C.-J., Lycett, S., Doeschl-Wilson, A., Schroeder, D. C., & VanderWaal, K. (2025). Experimental evidence of vaccine-driven evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome virus type 2. Virus Evolution, 11(1), veaf056. https://doi.org/10.1093/ve/veaf056
4. Galindo-Barboza, A.J., Rivera-Benítez, J.F., y De La Luz-Armendáriz, J. (2025). Evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real para diferenciar cepas vacunales y cepas de campo del virus de PRRS en Jalisco. 60a Reunión Nacional de Investigación e Innovación Pecuaria, Agrícola, Forestal, Acuícola y Pesquera. Memorias Pp. 455-457. San Luis Potosí, México. https://aljogaba.github.io/archives/2025-prrscepas-rnip-extenso-es.pdf

De la muestra al producto amplificado

Antes de secuenciar, la región de interés debe amplificarse mediante RT-PCR o PCR. Los primers se diseñan para unirse a regiones relativamente conservadas que flanquean la región que se desea estudiar.

Un par de primers puede ser capaz de amplificar diferentes linajes de PRRSV. No obstante, cuando dos o más variantes están presentes en una misma muestra, sus productos no necesariamente quedarán representados en la misma proporción después de la PCR.

La composición final del amplicón puede depender de:

• la cantidad inicial de copias de cada variante;
• la eficiencia relativa de amplificación;
• la calidad del material genético;
• la afinidad de los primers;
• y los efectos ocurridos durante los primeros ciclos de la PCR.

¿Qué señal produce Sanger?

La secuenciación Sanger no selecciona una sola molécula. Todas las copias presentes en el producto amplificado participan simultáneamente como moldes, por lo que el cromatograma representa la suma de sus señales.

Cuando una variante domina ampliamente el amplicón, suele obtenerse una secuencia limpia que corresponde principalmente a esa variante. Esto no significa necesariamente que sea la única presente.

Si dos variantes se encuentran en proporciones más cercanas, pueden aparecer picos dobles en los sitios donde sus secuencias difieren. Cuando existen inserciones o deleciones, la lectura puede perder calidad a partir del punto donde ambas secuencias quedan fuera de fase.

Existe una relación aproximada entre la proporción de cada variante y la intensidad de sus picos, pero Sanger no es una técnica cuantitativa. Además, la proporción observada corresponde al producto después de la PCR y no necesariamente a la composición original de la muestra.

¿Qué ocurre al secuenciar un pool?

Los pools son útiles para reducir costos durante la detección molecular, pero disminuyen la capacidad para relacionar una secuencia con un animal específico.

Una secuencia obtenida de un pool:

• no representa necesariamente a todos los animales que lo integran;
• no demuestra que todos porten la misma variante;
• y no permite descartar otras variantes minoritarias.

La interpretación se complica aún más si se mezclan distintos pools positivos antes de la amplificación o de la secuenciación. Una variante abundante en uno de ellos puede dominar el cromatograma y ocultar las variantes presentes en los demás.

Seleccionar el pool con mayor concentración viral puede aumentar la probabilidad de obtener una secuencia limpia, pero esa secuencia solamente representa al pool elegido.

Interpretación práctica

Una secuencia limpia permite identificar la variante consenso que predominó en el producto analizado. Por ello, conviene evitar afirmaciones como “Todos los animales presentaban la misma cepa”.

Una formulación más precisa sería: “En la muestra analizada se obtuvo una secuencia consenso relacionada con determinada variante de PRRSV”.

Referencias consultadas

1. Cheng, T.-Y., Campler, M. R., Schroeder, D. C., Yang, M., Mor, S. K., Ferreira, J. B., & Arruda, A. G. (2022). Detection of Multiple Lineages of PRRSV in Breeding and Growing Swine Farms. Frontiers in Veterinary Science, 9. https://doi.org/10.3389/fvets.2022.884733
2. Clilverd, H., Li, Y., Martín-Valls, G., Aguirre, L., Martín, M., Cortey, M., & Mateu, E. (2024). Selection of viral variants with enhanced transmission and reduced neutralization susceptibility alongside lateral introductions may explain the persistence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in vaccinated breeding herds. Virus Evolution, 10 (1), veae041. https://doi.org/10.1093/ve/veae041
3. Pamornchainavakul, N., Paploski, I. A. D., Makau, D. N., Baker, J. P., Huang, J., Ferreira, C. P., Corzo, C. A., Rovira, A., Cheeran, M. C.-J., Lycett, S., Doeschl-Wilson, A., Schroeder, D. C., & VanderWaal, K. (2025). Experimental evidence of vaccine-driven evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome virus type 2. Virus Evolution, 11(1), veaf056. https://doi.org/10.1093/ve/veaf056

El diagnóstico permite detectar agentes, estimar exposición o confirmar circulación. La interpretación sanitaria, en cambio, integra esos resultados con información clínica, productiva, poblacional y operativa para comprender qué está ocurriendo realmente en el sistema.

Qué aporta el diagnóstico

El diagnóstico es esencial para identificar agentes infecciosos, documentar exposición, confirmar circulación y apoyar la toma de decisiones sanitarias. En producción porcina, herramientas como PCR, RT-qPCR, ELISA, histopatología, secuenciación u otras pruebas de laboratorio permiten generar evidencia objetiva sobre la presencia de patógenos o la respuesta del animal frente a ellos.

Sin embargo, ningún resultado diagnóstico debe interpretarse de forma aislada. La detección de un agente puede tener significados distintos según la etapa productiva, el tipo de muestra, el momento del muestreo, la vacunación, el historial sanitario y la presencia de signos clínicos o alteraciones productivas.

Qué aporta la interpretación sanitaria

La interpretación sanitaria busca responder una pregunta más amplia: qué significa ese resultado dentro del sistema de producción.

Para ello, no basta con saber si una prueba fue positiva o negativa. Es necesario integrar información sobre mortalidad, morbilidad, desempeño productivo, flujo animal, manejo, bioseguridad, vacunación, historial de enfermedades, edad de los animales, tipo de muestra y contexto epidemiológico regional.

En este sentido, la interpretación sanitaria convierte los datos disponibles en una lectura útil del sistema. Su objetivo no es acumular información, sino ordenar evidencias para identificar patrones, priorizar riesgos y orientar decisiones técnicas más consistentes.

Por qué importa en granja

En una granja porcina, un mismo resultado diagnóstico puede tener implicaciones distintas. No es lo mismo detectar un agente en animales clínicamente afectados que detectarlo en una población sin signos evidentes. Tampoco es equivalente encontrar un resultado positivo en una etapa productiva crítica, en animales vacunados, en un brote activo o dentro de un sistema con antecedentes de circulación endémica.

Por ejemplo, en enfermedades como PRRS, la interpretación del estatus sanitario de una granja requiere considerar evidencia de exposición, circulación viral, eliminación y estabilidad de la piara, no únicamente una prueba aislada. La clasificación de estatus frente a PRRSV se ha desarrollado precisamente para ordenar esa información a nivel de granja y apoyar estrategias de control.

De forma similar, en enfermedades asociadas a PCV2, la detección del virus por sí sola no necesariamente confirma enfermedad clínica. La interpretación debe integrar signos clínicos, lesiones, carga viral y contexto sanitario del sistema.

Implicaciones prácticas

Interpretar los resultados dentro del sistema permite:

• Evitar decisiones basadas únicamente en resultados positivos o negativos.
• Diferenciar detección, exposición, circulación y enfermedad clínica.
• Relacionar los hallazgos diagnósticos con indicadores productivos y sanitarios.
• Identificar etapas productivas o flujos donde puede mantenerse la transmisión.
• Priorizar acciones de control ajustadas a la realidad de cada granja.

Cómo puede ayudar un análisis epidemiológico

Un análisis epidemiológico estructurado permite integrar información sanitaria, productiva y diagnóstica para comprender la dinámica de los problemas dentro del sistema. Este enfoque ayuda a identificar patrones temporales, etapas afectadas, posibles factores asociados y puntos críticos de intervención.

En lugar de interpretar cada dato de forma separada, el análisis epidemiológico permite construir una lectura más completa del sistema productivo. Esto es especialmente útil cuando existen problemas recurrentes, circulación endémica de agentes, coinfecciones, variabilidad productiva o resultados de laboratorio difíciles de interpretar.

El objetivo final no es sustituir la atención clínica ni el trabajo veterinario de campo, sino complementarlos con una lectura ordenada de la información disponible.

Referencias consultadas

1. Holtkamp DJ, Polson DD, Torremorell M, et al. Terminology for classifying swine herds by porcine reproductive and respiratory syndrome virus status. Journal of Swine Health and Production. 2011.
2. Zimmerman JJ, Karriker LA, Ramirez A, Schwartz KJ, Stevenson GW, Zhang J, editors. Diseases of Swine. 11th ed. Wiley; 2019.
3. WOAH. Porcine reproductive and respiratory syndrome (infection with PRRS virus). Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals.
4. MSD Veterinary Manual. Porcine Circoviruses and Their Associated Diseases.
5. Ke CH, et al. Implementation of point-of-care platforms for rapid detection of porcine circovirus type 2. Journal of Veterinary Science. 2024.