FASTAudit | Laboratorio de Sistemas Porcícolas

Control de calidad local y trazable

Obtenga una primera película de su FASTA antes de analizarlo, clasificarlo o incorporarlo a un dataset.

FASTAudit inspecciona cada registro sin enviar las secuencias a un servidor. Conserva el encabezado original, deriva un ID canónico configurable, separa campos estructurados, detecta conflictos de integridad y puede comparar dos FASTA por identidad exacta.

Principio de trabajo FASTAudit informa lo que encuentra. No corrige, recorta, renombra, imputa ni modifica automáticamente las secuencias o encabezados fuente.

Entrada

Cargue o pegue el FASTA

Si selecciona un archivo y también pega texto, se analizará el archivo seleccionado.

Arrastre aquí un archivo FASTA

o selecciónelo desde su equipo. Se aceptan archivos de texto como .fasta, .fa, .fas y .txt.

Pegar FASTA Cada registro debe comenzar con un encabezado que inicie con >.

Comparar con otro FASTA (opcional)

Seleccione un segundo archivo para contrastar IDs canónicos, secuencias exactas y cambios de encabezado. La comparación también se ejecuta íntegramente en su navegador.

FASTA B Si no selecciona un segundo archivo, FASTAudit realizará únicamente la auditoría del FASTA principal.

Privacidad: el análisis se ejecuta íntegramente en su navegador. FASTAudit no carga los FASTA a un servidor.

Criterios

Defina qué desea verificar

Longitud esperada (nt) 603 nt es solo el valor inicial. Cámbielo para cualquier otra región o deje el campo vacío para no aplicar un criterio de longitud. Delimitador del encabezado Por defecto |. El primer campo se interpreta como ID canónico. Si el delimitador no aparece, se usa el primer token separado por espacios. Deje vacío para no dividir campos.

Controles de secuencia codificante

Evaluar CDS en marco 0Comprueba múltiplo de 3, inicio ATG, stop terminal y stops internos. Desactívelo para regiones no codificantes.

Resultados

Auditoría del conjunto

#	ID canónico	Encabezado	Campos	Longitud	Longitud esperada	ID	Conflicto ID/secuencia	Encabezado	Alfabeto	No-IUPAC	Ambigüedades	Inicio	Terminación	Stops internos	SHA-256	Haplotipo	Estado

A↔B

Comparación

Integridad entre dos FASTA

ID canónico	Estado	Registros A	Registros B	Secuencias únicas A	Secuencias únicas B	ID equivalente	Observación

Métodos

Qué verifica FASTAudit

ID canónico

Con delimitador |, un encabezado como 00000|cepa|año conserva su texto completo y deriva 00000 como ID canónico. El delimitador es editable.

Integridad ID–secuencia

Distingue encabezado duplicado, ID canónico duplicado, secuencia idéntica y el caso crítico de un mismo ID asociado a secuencias diferentes.

Campos del encabezado

Separa el encabezado por el delimitador elegido, exporta cada campo al CSV y señala registros cuyo número de campos difiere del patrón modal del dataset.

Longitud

Calcula nucleótidos por registro y resume mínimo, máximo, media y mediana. La longitud objetivo es un parámetro del usuario, no una regla fija.

Alfabeto IUPAC

Reconoce A, C, G, T y los códigos ambiguos R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V y N. Otros caracteres se reportan como no-IUPAC.

Secuencia codificante

Cuando está activada, evalúa el marco 0: múltiplo de 3, ATG inicial, stop terminal canónico TAA/TAG/TGA y stops internos.

SHA-256 y huellas del dataset

Calcula una huella por secuencia y huellas globales independientes del orden para el multiconjunto de secuencias y para los pares ID–secuencia.

Comparación A↔B

Distingue IDs preservados, encabezados cambiados, secuencias modificadas, altas, bajas y secuencias exactas conservadas bajo otro ID.

Haplotipos exactos

Agrupa secuencias nucleotídicas idénticas sin inferir relaciones filogenéticas. Cada secuencia distinta recibe un identificador H001, H002, etc.

Convenciones y límites de interpretación

FASTAudit es una herramienta de inspección estructural e integridad de datasets. No sustituye revisión de cromatogramas, evaluación de calidad de lecturas, alineamiento, inferencia filogenética, clasificación taxonómica ni validación biológica.

El encabezado FASTA original se conserva; el ID canónico es un atributo derivado.
Con el delimitador por defecto |, el primer campo es el ID canónico. No se usa el guion - como separador automático porque puede formar parte de un identificador legítimo.
La normalización convierte la secuencia a mayúsculas y elimina espacios y saltos de línea; no elimina otros caracteres.
Los stops internos se buscan en marco 0 cuando el modo codificante está activo.
Los grupos de haplotipos y la comparación entre FASTA representan identidad exacta, no distancia genética.
FASTAudit no modifica el archivo fuente ni imputa caracteres ambiguos.